EFSAk zientzia-iritzi bat argitaratu du genomaren sekuentziazio osoa (WGS) eta metagenomika honako hauetan aplikatzeari buruz: agerraldien ikerketa, iturrien zehaztapena eta elikagaien bidez transmititutako patogenoen arriskuaren ebaluazioa.

Zehazki, DAFO bat ematen da WGSren eta metagenomikaren erabilerari buruz, Salmonella eta Shigatoxina eragiten duen Escherichia coli (STEC) serotipatzeko eta antibiotikoekiko erresistentzian (RAM) erabakigarriak diren bakterioak identifikatzeko.

Genomaren sekuentziazio osoa (WGS)

WGSa lanabes bat da, elikagaiek transmititzen dituzten agerraldien ikerketarako bakterio-anduiak diskriminatzeko eta elikagai-iturriak zehazteko mailarik handiena ematen duena. Gainera, oso zehatza da arriskuak identifikatzeko; izan ere, arriskuen ebaluazioa eta kudeaketa bideratzen ditu.

Metagenomika

Metagenomikak gaitasun handia du landatu ezin diren, landatzen zailak diren eta hazte-prozesu motela duten mikroorganismoak antzeman eta karakterizatzeko, zenbait elikagai-patogenoen generen jarraipena egin eta mikrobio-komunitate konplexuen osaera eta funtzionalitatea ebaluatzearren.

WGSren eta metagenomikaren abantailak Europako araudian ezarritako gaur egungo mikrobiologia-metodoen aldean:

  • WGS lanabesak entsegu bakar batean ematen du informazioa serotipoari buruz, Salmonellari eta STECri dagokienez, eta AMRan erabakigarriak diren bakterioen multzo zabal baten presentziari buruz.
  • Salmonellaren eta STECren serotipoen kasuan, oso fidagarritasun-maila handia lor daiteke fenotipoaren eta genotipoaren artean, baita WGS erabiliz AMR monitorizatzeko ere. Horrek adierazten du ikuspegi horiek emaitza fidagarriak eman ditzaketela Europako araudien esparruan.
  • Salmonellarentzat eta STECrentzat, isolatze gehienak, ohiko serotipoek aurrez tipifikatu ezin dituztenak, genomatik eratorritako datuak erabiliz serotipatu daitezke.
  • STECrentzat, WGSn oinarritutako serotipatzea oso teknika zehatza eta diskriminatzailea da, serotipo fenotipikoarekin erkatuz gero, eta oso egokia litzateke ikuspegi hori sartzea EBren araudietan.
  • Salmonellaren arautze garrantzitsuek aintzat hartu behar dute White – Kauffmann – Le Minor eskema, datu fenotipikoak eta genotipikoak txertatzen baititu.
  • RAMerako, fenotipoaren eta genotipoaren arteko desadostasun-maila mugatua oso estu dago lotuta, nagusiki, kromosomen nahasmenduarekin eta erresistentzia-geneen adierazpen aldagarriekin. WGS erabiltzeak informazio gehigarria eman dezake presente dauden geneei buruz eta horiek geneek transferentzia horizontala hedatzeko duten gaitasunari buruz. Iritzi honen ebaluazioak baieztatu egiten du ondorio hau: egokia litzateke mailaz mailako ikuspegi bati jarraitzea WGS integratzeko RAMen monitorizazioan.
  • WGS inplementatzeko trantsizio-epean, WGSra aldatzeak, lehenengo fasean, nazio eta nazioarteko mailan erreferentziazko zerbitzuen egokitze-operatiboak eragin ditzake, baita datuak trukatzeko zailtasunak ere.
  • Metagenomikak erakusten du potentziala duela AMRen monitorizazioan erabiltzeko, aukera gehigarriak ematen baititu, baina muga batzuk ere baditu WGSrekin erkatuta.
EFSA-Whole genome sequencing and metagenomics for outbreak investigation, source attribution and risk assessment of food-borne microorganisms

Beste WGS-ari buruzko txostenak:

Elikagaien bidez transmititutako patogenoen genoma osoaren sekuentziazioaren datu-bilketa eta -analisia
Genomaren sekuentziazio osoaren Europako plataforma, patogenoen zaintzarako